Фильм (как произведение искусства) есть отражение объективной реальности – в специфической форме языка кино. То есть сам вопрос "что хотел сказать автор?" несёт неверную предпосылку – то, что автор хотел сказать художественным языком, он уже высказал - своим фильмом.
А вот то, что автор подразумевал, какое понимание вкладывал в фильм - это уже из другой области, это область знания, отражение материи в форме понятий. И часто бывает, что художник, безусловно талантливый в своей области, вне её - “плавает", показывая слабое понимание устройства общества (как в случае с Матрицей).
Но дух, ощущение современного авторам общества "Матрица" передаёт прекрасно, поскольку общество товарообмена, когда рабочая сила становится товаром, есть общество обмана, подделок и контрафакта. Это "матрица", где все формально вроде бы равны, но есть "агенты", которые сами пишут правила. Эта характернешая черта, обман, которая проявилась с первых шагов капитализма. (Надо понимать, что это был серьёзный шаг вперёд по сравнению феодаными порядками, хотя там вас никто не обманывал - родился крестьяном, крестьянином и умрёшь).
"Коронация Наполеона", написанная по заказу самого Наполеона, здорово отличается от действительности. Например, турецкого посла не пустили в собор (как мусульманина), а папа Пий VII хоть и присутствовал, но Наполеона не благословлял.
Конечно, интересно узнать, о чём думал автор во время создания фильма, но кино, хорошее кино, передаёт, прежде всего дух, ощущения эпохи. А гениальное произведение старается исправить общество, "починить" действительность.