Первое вооруженное выступление было предпринято няньцзюнями («армия нянь») в ноябре 1852 г. в северной части провинции Аньхой под руководством бывшего торговца солью Чжан Ло-сина. В 1853 г. няньцзюни (до 100 тыс. чел.) развернули партизанскую войну. В 1855 г. они объединились в 10 крупных отрядов и провозгласили своим главным руководителем Чжан Ло-сина. Помимо крестьянской бедноты, составлявшей основную движущую силу няньцзюньского восстания, в нем участвовали отдельные антиманьчжурски настроенные помещики и др. представители имущих классов.
Повстанцы не выдвигали каких-либо социально-экономических требований, их единственным лозунгом был призыв к низвержению династии Цин. В 1855- 1856 гг. няньцзюни вели операции на территории северной части Аньхоя, северной части Цзянсу и северной части Хэнани. С марта 1857 г. главные силы няньцзюней стали действовать совместно с тайпинами (см. Тайпинское восстание) в Аньхое. Часть няньцзюнских отрядов вела борьбу самостоятельно.
В 1861 - 1863 няньцзюни потерпели ряд крупных поражений, их наиболее известные вожаки, в т. ч. Чжан Ло-син, погибли. Уцелевшие отряды объединились под командованием Чжан Цзун-юя (племянник Чжан Ло-сина) и действовали на территории Хэнани. Осенью 1864 г., после разгрома цинской реакцией главных сил тайпинов, няньцзюни объединились в единую армию с уцелевшими остатками тайпинских войск, оперировавших в Хэнани, Хубэе и Шэньси. Объединённую армию возглавили Чжан Цзун-юй и тайпинский военачальник Лай Вэнь-гуан. В 1866 г. они разделились на две колонны. Одна из них во главе с Лай Вэнь-гуаном в конце 1867 г. - начале 1868 г. была уничтожена правительственными войсками в Цзянсу. Другая колонна во главе с Чжан Цзун-юем была разбита в августе 1868 г. в Шаньдуне.
Дунганское восстание.
Дунганское восстание в Шэньси и Ганьсу - это восстание дунган (хуэйцзу и хуэйминь) в 1862 - 1869 гг. Примерно в то же время восстали и мусульмане Юньнаня на юго-западе Китая. Когда мусульмане провинции Юньнань восстали, мусульмане центральных и западных провинций Шэньси, Ганьсу, Нинся и Синьцзян также начали открытый мятеж против правителей династии Цин. Между 1862 и 1877 гг. весь Китай был объят сражениями между войсками Цин, местными жителями ханьского происхождения и мусульманами.
Причиной войны был возникший в 1862 г. спор между одним из ханьских торговцев бамбуковыми шестами и его покупателем-мусульманином из народа хуэй. Когда покупатель отказался заплатить полностью всю цену за приобретенный товар, это послужило началом для этнических беспорядков. Не совсем ясно, что последовало далее, но в том же году народ хуэй с западного берега Хуанхэ заявил о создании независимого мусульманского государства, включавшего провинции Шэньси, Ганьсу и Нинся. Одновременно восстание против властей в Пекине подняли мусульмане в Синьцзяне. В 1864 г. столица провинции Урумчи перешла в руки мятежников.
Подобно большинству конфликтов поздней империи Цин, Дунганское восстание получило международную поддержку. Правительство Цин получило поддержку от лояльных ему представителей народа хуэй, а также от суфиев. Мусульмане хуэй на центральных равнинах оказались без поддержки и страдали от дезорганизации. Местный лидер восстания Якуб Бег считается повинным в том, что восстание стало настоящей трехсторонней войной. В 1860-х гг. тюркские мусульмане объявили войну ханьским китайским поселенцам и начали «джихад» против мусульман-хуэй (дунганов).
В этой войне было всего несколько крупных сражений, но это не помешало Дунганскому восстанию привести к жестокому геноциду. К 1877 г. в Шэньси, Ганьсу и Нинся погибли два миллиона мусульман-хуэй и примерно шесть миллионов представителей народа хань. В сумме это была половина населения трех провинций. Правительственной армии понадобилось два года, чтобы подавить восстание в Синьцзян. После победы Пекина миллионы мусульман-хуэй бежали, узбеки и афганцы, воевавшие на стороне Якуба Бега, были арестованы, многие были казнены. Поражение восстания привело к переселению группы китайских дунган на территорию Российской империи (современная Киргизия и сопредельные государства СНГ) и в юго-западную Монголию. Унеся жизни от 8 до 15 млн. человек, это восстание стало одним из самых кровопролитных военных конфликтов в истории.
Пантайское восстание.
Пантайское восстание (1856 – 1873 гг.), также известное как Восстание Ду Вэньсю, - это восстание хуэй (исповедующих ислам китайцев) и других мусульманских этнических меньшинств Китая против властей империи Цин в провинции Юньнань на юго-западе Китая, бывшее одним из многочисленных бунтов хуэй и соседних народов против цинских властей. Слово «Пантай» (или «Пантхай») по своему происхождению является бирманским: так в Бирме называли китайских мусульманских (хуэйских) торговцев, приходивших с караванами в Бирму из китайской провинции Юньнань. В самой Юньнани это название не было известно, однако в историографии за Юньнаньским восстанием закрепилось именно это название.
К 1840-м гг. в Юньнани резко обострилось противостояние между двумя этническими группами китайцев: ханьцами и исповедующими ислам хуэй. Споры касательно контроля над золотыми, серебряными и свинцовыми шахтами в центральной части провинции приводили к кровавым стычкам с тысячами жертв во многих деревнях и нескольких городах (в Талане в 1850 г., в Шияне в 1854 г. и в Малуне в 1855 г.), которые цинское правительство не могло или не хотело пресечь. В мае 1856 г. ситуация в провинции накалилась до предела, когда цинский чиновник Циншэн инициировал в Куньмине массовую бойню ханьцев и хуэй, жертвами которой стали более 2000 чел., а затем устроил в городе кровавую расправу над мусульманами. После этого события ханьцы и хуэй начали создавать крупные вооружённые отряды в различных городах и деревнях провинции.
Наиболее видным руководителем восстания был Ду Вэньсю (1828 – 1873 гг.), мусульманин ханьского происхождения (из семьи ханьцев, перешедших в ислам), имевший классическое китайское образование. В сентябре 1856 г. он со своими сторонниками занял город Дали, где провозгласил себя главнокомандующим и султаном, а также сформировал собственное правительство, в которое входили как хуэй, так и ханьцы; люди, исповедовавшие ислам, конфуцианство и традиционные религии, пользовались в государстве повстанцев равными правами.
К концу 1860-х гг. повстанцы контролировали всю восточную Юньнань с приблизительно 50 городами. Ду Вэньсю пытался установить контакты с руководителями шедшего в те же годы Тайпинского восстания, а в 1863 г. его войска вторглись в провинцию Сычуань.
Юг Юньнани контролировался другим хуэйским лидером - Ма Цзюйлуном (1832 – 1891 гг.). Будучи соперником Ду Вэньсю, первоначально он также выступал против цинских властей и даже пытался занять Куньмин, однако в 1862 г. перешёл на службу к правительству, пообещавшему ему чин генерала, и затем сражался в рядах цинской армии против своих бывших сторонников и сил Ду Вэньсю. Его позиция была поддержана ещё одним лидером повстанцев - Ма Дэсинем (1794 – 1874 гг.), уважаемым среди хуэй религиозным лидером, изначально выказавшим решительную поддержку восстанию, а затем призывавшим к миру.
Повстанцам под руководством Ду Вэньсю не удалось или удалось лишь на очень короткое время занять главный город провинции Куньмин. В 1871 г. цинская армия под руководством губернатора Юньнани Цэнь Юйина начала наступление на восставших с целью восстановить китайскую власть на всей территории провинции. Правительственные войска, получившие за прошедшее десятилетие более современное вооружение и обученные французскими инструкторами, отвоёвывали у повстанцев город за городом.
Ду Вэньсю пытался получить помощь от Великобритании и в 1871 г. отправил к англичанам посольство во главе со своим приёмным сыном Лю Даохэном, однако эта миссия, как и предыдущие посольства повстанцев к британцам и французам в 1868 г., закончилась безрезультатно. В январе 1873 г. Ду Вэньсю, осаждённый китайцами в Дали, покончил жизнь самоубийством вместе со своей семьёй. После капитуляции Дали мусульманское население города было почти полностью истреблено, в других местностях восстание также подавлялось с большой жестокостью.
В период с 1855 по 1884 гг. население провинции Юньнань в связи с восстанием и его последствиями (голод, эпидемии, бегство жителей) сократилось более чем в два раза.