Словакия стала одним из детищ Мюнхенского сговора. Сразу после переговоров Словакия затребовала автономию в составе Чехословакии, что и получила при поддержке Берлина, а 14 марта 1939 года, после оккупации Чехии Германией, объявила о независимости. В этот же день Германия объявила, что берет Словакию «под свою защиту».
Третий Рейх несколько слукавил, когда заявил про защиту. 17 марта 1939 года Венгрия потребовала пересмотреть границы Словакии в свою пользу.
Германское правительство, стараясь прикормить своего будущего союзника – Венгрию, 18 марта «нажала» на Братиславу и решение о пересмотре границы было принято. Венгерская армия, не дожидаясь ратификации парламентом решения, 23 марта перешла границу Словакии и начала захват территории, стараясь продвинуться как можно дальше. Словаки оказывали сопротивление, но с учетом численности армий, «Малую войну» (словац. Mal vojna) Словацкая республика фактически проиграла, уступив в пользу последней 1697 км территории с населением около 70 тыс. человек.
23 марта 1939 года словаки заключили с немцами договор, согласно которому Германия гарантировала целостность и независимость Словакии. 26 марта 1939 года Венгрия и Словакия заключили перемирие.
Словакия, согласно договору, должна была обеспечить свободный проход немецким войскам, согласовывать с Третьим Рейхом свою внешнюю политику и координацию действий вооруженных сил. Поэтому атаковать Польшу, согласно плану «Вайс», Германию планировала с трех направлении, одно из них – с территории Чехии и Словакии, вместе со словацкой армией.
1 сентября 1939 года единственным союзником Германии в нападении на Польшу стала Словакия. Приняв участие в разгроме Польского государства. После поражения Польши, 21 ноября 1939 г. согласно германо-словацкому договору Тешинская область, отторгнутая поляками в 1938 г. у Чехословакии, была передана Словацкой Республике. Потери в боях составили 2 словацких самолёта и был сбит 1 польский самолёт-корректировщик, 18 словацких солдат было убито, 46 ранено, 11 пропали без вести.
24 ноября 1940 года республика присоединилась к Тройственному пакту (союзу Германии, Италии и Японии). Летом 1941 года, словацкий президент Йозеф Тисо предложил Адольфу Гитлеру направить словацкие войска на войну с Советским Союзом, после того как Германия начнёт с ним войну. Фюрер не питал особого желания использовать словаков в войне против СССР, так как считал ее ненадежной и опасался перехода на сторону противника, но в конце концов согласился.
15 июня Словакия официально присоединилась к странам Оси и стала единственным католическим государством с национал-социализмом. Немного позже представитель Ватикана в Словакии, который благословлял солдат на войну с СССР, заявил, что сообщит Святому Отцу благую весть из образцового католического государства.
23 июня 1941 года Словакия объявила войну Советскому Союзу. Официально об этом сообщили в Словакии 24 июня. Руководители страны объяснили поход на Восток сохранением самых дорогих ценностей национальной жизни: веры, христианско-католической церкви и независимости, необходимости борьбы против большевизма, борьбы во имя справедливости, порядка и социального прогресса. В современной Словакии историки эти расплывчатые формулировки оправдывают тем, что Словакия вступила в войну в ответ на «агрессивные захватнические планы СССР».
Для войны с Советским Союзом в Словакии была проведена мобилизация и в июле 1941 года началась переброска Словацкого экспедиционного корпуса, численность составляла 41 739 солдат и офицеров. На фронте союзники гитлеровцев никак не могли вступить в бой с Красной армией по весьма прозаичной причине – они не поспевали доехать до поля боя из-за технической отсталости. Поняв «пользу» от словацкой армии, которую нужно было кормить по нормам вермахта, немецкое командование отправило союзников домой, оставив лишь спешно созданную «Мобильную бригаду» - наиболее боеспособную часть. Всего для борьбы с Красной Армией осталось около 15 тысяч человек – «Быстрая дивизия» на фронте и «Охранный корпус», предназначенный для борьбы с партизанами.
«Быстрая дивизия», включенная в группу армий «Юг» держала оборону на реке Миус в 1941-1942 годах, а затем, вместе со своими союзниками, пыталась завоевать Кавказ. В феврале 1943 года дивизия была окружена и спаслась только благодаря немцам, потеряв всю тяжелую технику и вооружение. Осенью того же года дивизия потерпела поражение под Мелитополем, где в плен советским войскам сдалось около 2200 человек. Направленная в после этого в Крым дивизия в июне 1944 года была расформирована, разоружена и отправлена на строительство укреплений в Румынии.
Охранная дивизия до 1943 года использовалась для борьбы с украинскими партизанами, а затем ее перебросили в Минск. Быстро попав под влияние белорусских партизан, словаки, в том числе офицеры, начали сотрудничать с ними.
Начальник штаба словацкого полка Ян Налепка сотрудничал с четырьмя партизанскими отрядами в Беларуси, а затем перешел на их сторону. Командовал партизанским отрядом из словацких солдат, перешедших сторону Красной Армии. В конце 1943 года погиб в бою. Ему присвоено звание Героя Советского Союза.
Результатом работы подпольщиков стал вывод Охранной дивизии с оккупированной территории и направление ее в Венгрию, Италию и Румынию, где солдаты использовались на стройках.
В августе 1944 года в Словакии осознали, что война неизменно ведет к поражению. Национальный совет Словакии начал готовить восстание против немецких гарнизонов в стране. 27 августа восстание перешло в горячую фазу. На одном из вокзалов были убиты 22 немецких офицера. Всего в восстании участвовало около 47 тысяч военнослужащих. 31 августа 10 тысячам эсесовцев была дана команда разоружить словацкую армию, что они успешно сделали без какого-либо сопротивления со стороны войск. 27 октября восстание было подавлено. Вновь сформированная словацкая армия под наименованием «Домобрана», в количестве 23 тысячи человек, отправилась на фронт с Красной Армией. Дезертирство и переход к противнику стали бичом Домобраны. В итоге оставшихся в армии словаков отправили на строительные объекты.
Единственная часть, которая продолжала сражаться за гитлеровцев, был сформированный в сентябре 1944 года кавалерийский полк СС. Его уничтожили в окруженном Будапеште.
На Восточном фронте (июль 1941 — август 1944) словацкая армия потеряла 11 163 человека, из них безвозвратные потери — 6 765 человек, санитарные — 4 398 человек. Из числа безвозвратных потерь погибло и умерло — 1 565 человек, попало в плен 5 200 человек. Умерло в советском плену 300 словацких военнопленных.
Так желавшие защитить ценности национальной жизни словаки, ощутив близость поражения, предали своего сюзерена.