А вот теперь продолжение истории, которое всю логику делит на ноль.
Появился ссд без системы, с одним файлом - пусть будет ссд 2. Появился хдд с системой, тоже пусть будет хдд 2. Мои диски буду называть ссд 1 (тот, что ставился изначально, с системой) и хдд1 (мой диск, файлохранилище, без системы, который стоял изначально, с ним никаких манипуляций не делали, он просто стоял, был подключён).
Все сборки были собраны в корпусе.
1. Отключаем ссд1, подключаем хдд2. Система стартует, без ошибок, без проблем, работает. Никаких вылетов, синих экранов и прочего. 5 запусков подряд (не перезагрузок, а именно выключений/включений).
2. Отключаем хдд2, подключаем ссд2. Система стартует, без ошибок, без проблем, все работает. В биосе все определяется. Всё работает. 5 запусков подряд.
3. Отключаем ссд2, подключаем ссд1, но меняем шлейф сата на ссд1. Все стартует, без ошибок, без проблем, работает. 5 запусков подряд.
4. Системный блок собирается, закрываются обе стенки. 5 контрольных запусков - все работает. Без единого нарекания.
Проходит 1-2 часа обычной работы - никаких программ не устанавливается, не обновляется, компьютер просто стоит работает. Очередное выключение/включение - снова система запускается только со второго раза из-за отключения ссд.
На всякий, конфиг из первого поста:
Общее описани компьютера: материнская плата - ASUS X299 Prime Deluxe; видеокарта - Palit GeForce GTX 1080; процессор - Intel Core i7-7820X; ssd - 256 ГБ 2.5" SATA Intel 545s под винду + hdd на 2 террабатайта какой-то. Windows 10, лицензия.